小建推测出这群野生乘龙就是小智的乘龙的伙伴。

但那些乘龙却是不理睬小智他们，甚至还不让他们找到自己。

回到岛上找大木博士，加上君莎小姐说出情况，小智才知道是盗猎团的原因。

盗猎团一直捕捉宝可梦，甚至还用上了炸弹，从而乘龙族群对人类就很惧怕，所以才不搭理小智他们，就连火箭队也遭到了盗猎团的毒手。

火箭队三人组跟小智说了一些遭遇后，立马逃之夭夭，因为君莎小姐在这里，他们作为坏人，自然是不想被警察抓到的。

......

【大叶：又是一个火箭队，跟火箭队差不多的组织。】

【武藏：别侮辱我们火箭队，我们火箭队可没这么无耻。】

【小茂：你们火箭队还打不过那些盗猎团呢，的确是比不了。】

【喵喵：是跟小鬼头一起的，说话也还是那么讨人厌。】

......

得到了盗猎团的消息，小智一行人前去解救乘龙族群。

小霞带着水系宝可梦将盗猎团给控制住，而小智跟乘龙吸引了盗猎团的毒刺水母，救助乘龙族群。

那些乘龙族群看到小智跟乘龙帮助他们陷入了危险，于是便奋起反抗，将毒刺水母给冰冻起来。

后面君莎小姐来了，将盗猎团跟火箭队抓了起来，解放了毒刺水母。

火箭队还在解释，他们只是过来凑热闹的，不是跟盗猎团一伙的。

乘龙族群等待着乘龙，小智让乘龙跟它的族群走。

乘龙饱含热泪，回想着跟小智一起的过往，不舍得离开。

白光幕也播放着小智跟乘龙的回忆，都能感觉到小智跟乘龙那之间深厚的感情。

最后，乘龙跟小智告别，回归了族群。