新锦衣卫更名为政务院，设总理1名，副总理9名，负责领导中央和地方各级政府，主持中央和地方各级政府的民政工作。

10名总理、副总理组成政务院的内阁，重大事情由内阁成员集体投票决定。总理拥有两票投票权，总计11票投票权。

大明的县长、镇长、村长地方官员由辖区的老百姓投票选举，市长由辖区的县长、镇长、村长进行投票选举。

市长必须有县长的工作经历，县长必须有镇长的工作经历，镇长必须有村长的工作经历。

村长必须具有中学学历，镇长、县长、市长必须具有大学学历，接受财产公示，并经过严格政审，无违法犯罪记录后，才能被提名作为候选人。

省长以及中央各部部长在全国优秀市长中产生，由总理选择进行任命。

总理、副总理在全国优秀省长和优秀中央各部部长中产生，由皇帝进行选择任命。

所有官员任期5年，可连选连任，在同一岗位最多任期两届。

政务院第一届内阁由郑以伟、何如宠、郑三俊、毕自严、薛国用、吴宗达、南居益、张至发、程国祥、黄士俊组成，郑以伟担任内阁总理。

杨鹤本可进入内阁，但因为其子杨嗣昌担任军队高官，杨鹤也临近退休，为子让路，调往北京大学任顾问。

徐光启年满60岁退休让贤，被聘请为北京大学的顾问，带领李之藻、李天经、邓玉函、龙华民、汤若望、罗雅谷等人，在山东威海天尽头建立天文观测站，潜心研究天文历法。

历史上，徐光启等人编撰的《崇祯历书》，引进了圆形地球的概念，介绍了经度和纬度的概念。

根据第谷星表和中国传统星表，提供了第一个全天性星图，成为后代星表的基础。在计算方法上，引进了球面和平面三角学的准确公式，并首先作了视差、蒙气差和时差的订正。

崇祯7年，《崇祯历书》编撰完成后，因为战乱并没有得到颁行。

1645年，汤若望将《崇祯历书》进行了删改、压缩，更名为《西洋新法历书》，进呈多尔衮。满清将其定名为《时宪历》，颁行天下。

《时宪历》从此成为每年编制历书和各种天文推步的依据，直至现在也是中国编制农历的基础。

汤若望被任命为钦天监监正，成为中国历史上的第一个洋监正，开创了满清任用耶稣会传教士掌管钦天监的将近二百年之久的传统。

朱由校安排徐光启、李之藻等人运用经度和纬度绘制全新的世界地图，制作地球仪，将天尽头定位为零度子午线。