崇祯七年元月，《大明时报》开年第一版刊登文章，引用王阳明的“知行合一”“致良知”等观点炮轰程朱理学中的“存天理，灭人欲”的思想，彻底否定朱子的圣人之学！一石激起千层浪，关于儒学的论战至此拉开帷幕。
之后论战规模越来越大，理学家，心学家纷纷被拉入战局，随着时间的推移，越来越多的人被卷入其中，论战逐渐演变成骂战，各家开始了相互泼脏水。
随着事情越闹越大，宫内也传出天子认为灭人欲的观点大为不妥的说法，紧接着袁枢公开出来站台支持《大明时报》的论断，并引述《论语》中的事例验证自己的观点，打着复兴孔子学说的旗号，开始宣扬新儒学。比如“实践是检验真理的唯一标准”，“孔子仗剑周游列国，书生不应手无缚鸡之力”，等等…
反对程朱理学者包括众多皇庄学院的学生纷纷聚集到新儒学派的旗下，将支持程朱理学之人以及支持其论断的士子称为旧儒学派，逐渐的，新儒学派系的打击范围越来越大，孔子的一些学说也开始遭到否定，修正儒学的声音越来越大。双方越吵越激烈，逐渐形成了南北对立的局面。
这期间涌现出了一个英雄人物--顾炎武。顾炎武在科考中屡屡受挫，心中早已经把八股取士给恨上了天。在发现新儒学派的主张与他的思想高度契合之后，他感觉他找到了人生目标，从此义无反顾的加入到新儒学派之中，对南方的旧儒学派疯狂口诛笔伐，成为了传播新儒学的急先锋，其提出的“天下兴亡，匹夫有责”的主张，得到了很多人的力挺。
意气风发的顾炎武，公开喊出了“打破士绅特权”，“孔氏已然腐朽，已经无法作为天下读书人的领袖！”这一口号，号召天下读书人自强不息，走出属于自己的道！袁枢一看，人才啊，这货竟然说出了自己不敢说的话啊…于是立马将这个情况汇报给了朱由检，朱由检了解完情况，也感叹了一声，人才啊…立马将其升为《大明时报》的主笔之一，并让徐光启向其发出邀请，请其出山担任顺天府境内皇庄学院的教授，并亲自授予顾炎武博士身份…
随着新儒学派在《大明时报》上逐渐占据优势，旧儒学派发现自己的很多文章都被《大明时报》拒载，这特么明显是在拉偏架啊，于是南方士子在复社的支持之下，于南京成立了《金陵时报》，企图与《大明时报》分庭抗礼。然而《大明时报》时至今日已然深入人心，新成立的《金陵时报》无论是在价格上还是影响力上都无法与《大明时报》抗衡…
眼看着火越烧越大，身在山东曲阜的衍圣公府发现已经无法置身事外了，于是便亲自下场肉搏，孔衍植直接发声将新儒学打上异端的标签，号召天下读书人反对新儒学，意图将袁枢为代表的新儒学彻底摁死，结果事与愿违，孔衍植这一下场就再没出来了…
袁枢紧接着操控《大明时报》，将早已准备好的山东孔氏的黑料给一一爆了出来，并公开发文称，如今的孔氏不过是圣人后裔，且恶行昭昭，完全是在给至圣先师孔子抹黑，如此德行根本不配代表圣人传承，并且主张天下人只要能真正做到为生民立命，为天地立心，为往圣继绝学，为万世开太平者皆可成圣！紧接着，施鳯来，袁可立等帝党纷纷发声支持…
这一下波澜更甚，随着施鳯来等人的露头，朝中众官员也陆续下场力挺衍圣公，并且上书攻讦施鳯来等人离经叛道，是为异端！而施鳯来等帝党自然不服，开始反向攻讦。至此，这一场文学界的大论战开始波及到政界，大规模党争开启了…
与此同时，新成立的廉政公署也完成了部署，其人员在内卫镇抚司的基础上组成，基本由退役军将，内卫和皇庄学院毕业生组成，最高长官称为督察使，官居正一品，其完全独立，只对皇帝负责。第一任督察使谁都没想到，竟然是被闲置已久的滚刀肉毛文龙！而原本内定为督察使的李二，则是成了廉政公署的二把手。新上任的督察使毛文龙为了展现能力，上来就把三法司给一锅端了…
大量的刑部，大理寺，都察院官员被查，将正在进行党争的朝臣们打了个措手不及，不过大家倒也不怕，为啥呢？刑不上大夫啊…
可是万万没想到，当一众趾高气昂的官员进了廉政公署之后，毛文龙这个滚刀肉压根不和他们讲道理，直接逮着几个嚣张跋扈的就开始过刑，那惨叫声比诏狱还惨。后面就简单多了，有了前面那几个倒霉蛋珠玉在前，其他人纷纷选择了从心，那罪行不用问，自己就说出来了…
朱由检得知消息之后“雷霆震怒”，直接下令将刑部与大理寺合并，重新招募组建新的三法司，专司刑名！誓要彻查到底。皇庄学院中律法科的学生被大量征用，填充进了新组建的三法司，紧接着，就是廉政公署移交证据，三法司审判，定罪，抄家，追缴赃款，流放辽东一条龙服务，一场反腐风暴开始了…
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花开两朵，各表一枝。先有国丈周奎被查，后有三法司被一锅端，大量的官员排着队被流放辽东，朝中各武勋，官员顿感大事不妙，心想着，这小皇帝连自家老丈人都下手了，他们算个屁啊…再加上如今的大论战和党争之下，朝堂中充斥着他们眼中的异端，眼见着风向不对，大量的官员开始申请调往南方，调不动的便提出辞呈，准备携款潜逃…
另一面，大论战之下，各地士子纷纷上书朝廷，要求朱由检取缔新儒学，并将离经叛道的新儒学派定为邪教。眼看着朝廷无动于衷，各地世家大族开始暗中串联，鼓动士子拒绝出仕，拒绝缴纳赋税，妄图以此逼迫皇帝妥协。毕竟你那么大的国土，若是没了人帮你治理，咱看你怎么玩的转？
清明时节雨纷纷，路上行人欲断魂。就在大明百姓忙着烧纸之时，大明政界的大地震开始了。顺天府地界上，一批批的官员被押解由顺天府北上，打头的就那个整天在宫门前撒泼哭嚎的大明国丈周奎，那是流放辽东的队伍。另一边，大量的官员挂冠解绶，由顺天府南下，那是卷铺盖潜逃的队伍。还有一个就是洪承畴率领的原满桂部，正在由蓟州南下，那是准备镇压民乱的队伍。
鉴于大量官员的离职，导致朝廷官位空缺严重，朱由检再发政令。
第一，精兵简政，命第一军至第六军抓紧操练军队，提升军队战斗力。精简政府机构，提高工作效率。
第二，取消吏员不得升迁的制度，将底层吏员纳入官员体系和监察体系，定为十品。只要有能力，最低级的吏员也可以一步步成为朝廷一品大员，封疆大吏。
第三，清查田亩，完善鱼鳞册，隐匿田亩，抗拒清查者以重罪论处。
第四，废除户籍世袭制度，将农户，军户，匠户等统一编为大明公民，从此以后，凡大明公民，可在大明境内自由择业，参加科考，不再有身份限制。
第五，力行新政，摊丁入亩，士绅一体纳粮，征收商税。