一马当先的，就正是驻扎在泷尾神社的织田军。织田信长根本没有通知神社内的朝仓家和浅井家，甚至在细川晴元接触免战令之前就已经从侧门绕除了泷尾神社，一路向三十三间堂狂奔而去。在发现三十三间堂无人后，又立刻翻过七条大桥，径直向北边的皇宫和二条城杀去，将其余的友军全部甩在了身后。

而这时，武田晴信反而不急了。他开始担心起北军诱敌诈败的可能性——会不会北军就是想假装退却，实则把南军引入京都北部歼灭呢？不过一口气放弃了这么多修筑多月的坚固阵地，牺牲不可谓不大。想让各怀鬼胎的联军整体执行这样困难的计划，三好长庆怕是也没有这样的本事吧？如果只是三好家自己的部队，倒是不排除反击的可能。

能够说服各家大名放弃自家安全的阵地，除了真的撤退外——三好长庆又能拿出什么理由呢？冒着部队在撤退中崩溃的危险，忍受和南军决战的巨大伤亡，就为了给他三好家博一个前程？

当然，心里这么想着，实际上武田晴信的行动还是非常谨慎的。一直到织田军的旗号出现在新善光寺后，武田晴信才率军从长福寺开始北上，打算把织田军当成自己的探路斥候。而在武田军身后，今川军也从东寺的难民棚外绕了出来，跟着武田军一起向北面的法光寺挺进。

天文十四年（1546）6月22日午时初刻，织田军又占领了平等寺。午时三刻，善长寺也被织田军拿下。午时五刻，织田信长进驻本能寺，仍然没有发现北军的伏兵——至此，武田晴信等南军大名彻底放心了，纷纷开足马力向二条城挺进——皇宫估计是抢不过织田信长了。就连远在摄津官道出的六角军和若狭武田军也已经闻讯赶来，一路追到了大泉寺外。京都的大街小巷上，随处可见北军撤离时遗留的物资。

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天文十四年（1546）6月22日午时七刻，织田军占领皇宫，第一时间确保了皇室和公卿的安全。几乎是同时，织田信长自己带着一小队马廻众径直奔向二条城，抢在武田军等南军各部之前，再次第一个冲入二条城，将织田家的马印插在了二条城上，尽揽此役风光。

然而，就在织田信长准备将织田木瓜旗顺便往二条城天守阁上也插一面时，尴尬的事情却发生了。

“什么？三好家把公方殿……额不，伪公方留在了二条城？”

得知了这一消息的细川晴元在亲信们的簇拥下紧赶慢赶，终于在天文十四年（1546）6月22日未时四刻来到了二条城。除了在周围警戒的部队外，大多数南军大名的军队此刻都驻扎在二条城、皇宫周围。而南军的大名们，则悉数来到了二条城天守阁内的评定室里，等待细川晴元的到来。在评定室的主位上，坐着的正是已故的足利幕府第12代征夷大将军足利义晴的嫡长子——年方十岁的足利义藤（足利义辉）。